Την περίοδο 2006 – 2007 η ομάδα του Νέου Αστέρα Ρεθύμνου στέφτηκε πρωταθλήτρια του 10ου ομίλου της Δ΄ Εθνικής και κέρδισε τη συμμετοχή της, για πρώτη φορά, σε επαγγελματικό πρωτάθλημα, αγωνίστηκε στην Γ΄ Εθνική την περίοδο 2007 – 2009, χωρίς επιτυχία.
Η πρώτη ονομασία που έδωσε το πρώτο Δ.Σ. στον νεοϊδρυθέντα σύλλογο ήταν ΠΑΣ ΑΣΤΗΡ (Ποδοσφαιρικός Αθλητικός Σύλλογος Αστήρ) και αυτό προς αναγνώριση του Αστέρα Γκύζη μετέπειτα Αστέρα Εξαρχείων που ήταν το σωματείο που έδωσε βοήθεια σε υλικό μέσω ενός συγγενή του Γασπαράκη Αντώνη. Μετά από δεκαέξι και πλέον χρόνια επιτυχιών και σημαντικών νικών (αναδείχθηκε Κυπελλούχος Κρήτης, κέρδισε ΠΑΛΜΕΡ, Ηρόδοτο, Εργοτέλη, Ιωνία κ.α.), στις 28/7/1961, μετά από γενική συνέλευση, τα μέλη του Αστέρα, αποφασίζουν τη συγχώνευση του ΠΑΣ Αστήρ, με τον Κεραυνό και τη δημιουργία του Ρεθυμνιακού. Ένα χρόνο αργότερα (4 Ιουλίου 1962), επανιδρύεται ο σύλλογος, με την ονομασία ΑΟ Νέος Αστέρας Ρεθύμνου. Όμως, τον Αύγουστο του 1967 η δραστηριότητα του σωματείου αδρανοποιείται, λόγω της χούντας. Ο ΑΟ Νέος Αστήρ Ρεθύμνου επαναδραστηριοποιείται επτά χρόνια αργότερα (13 Δεκεμβρίου 1974), με την αποκατάσταση της Δημοκρατίας στην Ελλάδα και συνεχίζει απερίσπαστα να συμμετέχει ενεργά στην πορεία του Ρεθυμνιώτικου ποδοσφαίρου μέχρι και σήμερα. Σε αυτά τα 62 χρόνια ζωής του, ο Αστέρας Ρεθύμνου έχει αναδείξει μεγάλους ποδοσφαιριστές, αλλά και προσωπικότητες. Στον Αστέρα Ρεθύμνου έκανε τα πρώτα ποδοσφαιρικά του βήματα και γαλουχήθηκε ο Γιώργος Κοκολάκης που αγωνίστηκε για μια δεκαετία και πλέον στην Α’ Εθνική, με μεγάλη καριέρα στον Ολυμπιακό Πειραιώς. Από τα γεννοφάσκια του Αστερίτης και ο τέως Υπουργός κ. Μανόλης Λουκάκης, που εκτός από ποδοσφαιριστής διετέλεσε και για τέσσερα χρόνια πρόεδρος της ομάδας. Το 2007 είναι μια χρονιά που γράφτηκε με χρυσά γράμματα στην ιστορία του συλλόγου. Στις 20 Μαΐου 2007 ο Αστέρας Ρεθύμνου, για πρώτη φορά στην ιστορία του κέρδισε την άνοδο του στις επαγγελματικές κατηγορίες, αφού αναδείχθηκε πρωταθλητής στο 10ο όμιλο του Περιφερειακού πρωταθλήματος Κρήτης.
